比叡山延暦寺の別院であり、888年に創建されました。円仁（慈覚大師）は入唐して大陸登州の赤山法華院に一時身をおき、帰朝して日本に赤山禅院の建立を思い立ちますが、志なかばで果たせず、遺言により弟子の安慧が仁和四年に赤山明神（唐名で泰山府君）をこの地に勧請、比叡山東の日吉社とともに天台の鎮守としました。
ここは京の表鬼門で方除けの神として信仰も篤く、陰陽道の祖神の泰山府君祭の流行もあり、疫病・災除けの神としても崇敬されます。また京の盆の五山の送り火の大文字はこの慈覚大師の遺徳をしのんだものとされています。江戸時代には赤山大明神の賽日「申（猿）の日」の五日にお参りすると掛け寄せ（集金）が円滑にいくとの噂がたち、”赤山は集金の神様・商売の神様”との信仰が始まります。
現在でも商売繁盛を願って集金前の早朝にお参りに来る人もあるそうです。